Des de fa molts anys, aquest indret ha estat un lloc d’oració. Ens hem de remuntar als temps en què Balaguer era habitat pels àrabs i aquests tenien el seu nucli de població en el pla d’Almatà.Bona part d’aquest edifici actual és d´aquella època. Era d’estil romànic, del qual queden encara la porta i la rosassa de la façana principal, que donava al pla d’Almatà. L’altar major estava situat on hi ha actualment la porta que dóna al costat del riu. Tenia una nau i un creuer de volta de mig canó. Els braços del creuer anaven des dels graons del presbiteri actual fins on avui hi ha l’arc que sosté el cor.
Al segle XVII, a causa de la gran devoció cada dia més creixent pels miracles que, segons s’explicava, feia el Sant Crist, s’eixamplà el temple i es posà sota l’advocació de la venerada imatge.Es posà l’altar major al braç situat al nord. La porta principal s’obrí al sud, cara a la ciutat, on es construí una façana totalment plana i coronada per un arc amb curvatura descendent a ambdós costats.
A finals del segle XVIII es va aixecar la volta de la nau principal i es va construir el cambril per al Sant Crist. Durant les primeres dècades del segle XX es construí la façana i la portalada actual.
La venerada imatge fou cremada el 28 de juliol de 1936. Es pogué salvar solament el peu dret. Per encàrrec de Pere Corberó i Trepat fou esculpida de nou pels artistes Joaquim Ros i Josep Espelta de Barcelona. La beneí el bisbe Ramon Iglesias Navarri i la retornà al seu lloc el 16 de marc de 1947.
Essent capellà del Sant Crist Mn. Pere Ribes, l’any 1972 es va fer la renovació del presbiteri i l’any 1973 es va decorar el cambril amb frescos del pintor Llucià Navarro. L’any 1997 es feu l’obertura al sostre per donar llum al presbiteri.
El 9 de novembre de 2016, se celebrava solemnement el títol i dignitat de Basilica menor, atorgat pel Sant Pare Francesc.