L’antic santuari de Meritxell, d’origen romànic, reformat i ampliat el segle XVII, va ser destruit per un incendi el 1972. A la vora l’aquest s’aixecà un nou temple, obra de Ricard Bofill, que va ser inaugurat el 1976.
L’antiga capella ha estat condicionada com a espai de record. La nova església acull de forma permanent visitants d’arreu que volen conéixer directament un dels llocs de devoció més importants d’Andorra, el dedicat a la seva patrona.
En projectar el nou santuari, Bofill va voler reflectir alguns elements simbòlics que posessin de manifest les particulars connotacions d’aquest espai singular. Amb el sol incrustat damunt l’altar va voler significar el nom de Meritxell, provinent, segons el filòleg Coromines, del mot latí meridiem, migdia; amb les dues naus que es creuen, la confluència dels camins que porten de l’una a l’altra frontera i de la vall del Valira del Nord a la del Valira d’Orient; amb les parets tallades horitzontalment per la part superior, l’incendi que colpí el temple, i amb el claustre descobert, la protecció de la Mare de Déu que vetlla sobre el cel d’Andorra.
El 13 de maig del 2014, quan s’esqueien exactament els 100 anys de la declaració pontifícia de la Mare de Déu de Meritxell com a Patrona principal de les Valls d’Andorra, el santuari va ser honorat amb el títol i la dignitat de Basílica menor. A l’interior hi ha una reproducció de la talla romànica de la Mare de Déu, així com les escultures corresponents als set Sants titulars de les parròquies andorranes, que donen fe de Meritxell com a Santuari Nacional.